Kisah ini terjadi pada pertengahan abad ke-18, tepatnya di tahun 1756. alkisah seorang pemuda, Jim Hawkins yang tinggal bersama keluarganya di desa kecil di Inggris bagian tenggara. Jim Hawkins sekeluarga memiliki sebuah penginapan kecil yang bernama “Admiral Benbow”.
Suatu hari, seorang pengunjung datang untuk menginap. Kepada Jim ia mengaku sebagai Kapten Flint. Konon, berdasarkan cerita-cerita para pelaut, Kapten Flint adalah seorang bajak laut yang populer dan terkenal akan kekejamannya.
Suatu ketika, ayah Jim sakit dan terbaring di tempat tidur. Kapten juga terbaring karena terlalu banyak minum rum. Dr Livesey datang untuk menjenguk ayahku. Di saat itu juga, seseorang tak dikenal bernama Black Dog datang dan mencari Kapten. Rupanya ia memang sudah lama mengincar sang Kapten. Dia memanggil kapten dengan sebutan “Kapten Billy”. Kemudian, mereka (Kapten dan Black Dog) bertikai lalu Black Dog kabur. Setelah Black Dog kabur, wajah Kapten menjadi mengerikan dan ia terjatuh ke lantai. Kapten terbaring lagi di tempat tidur. Sekarang ada dua orang yang sakit. Namun, hanya tinggal satu orang karena ayah Jim meninggal pada malam itu.
Kapten bercerita bahwa ia harus pergi dari penginapan. Tapi Kapten tidak dapat pergi kemanapun. Dia terlalu mabuk. Suatu hari, Kapten dikunjungi oleh seorang pengemis bernama 'Blind Pew' yang memberikan 'bintik hitam' yang merupakan tanda kematian di antara para bajak laut. Ketika menjelang ajalnya, Kapten berpesan kepada Jim tentang sebuah kotak peti miliknya. Setelah Blind Pew meninggalkan mereka, Kapten meninggal.
Ketika Jim dan Ibunya membuka kotak peti yang dimaksud oleh sang Kapten, ternyata di dalamnya ada sebuah kertas. Kemudian Jim dan Dr. Livesey, membawa kertas itu ke Squire John Trelawney. Squire Trelawney adalah seorang saudagar kaya di kota yang mengerti mengenai hal-hal yang berkaitan dengan bajak laut. Dari Squire Trelawney, Jim baru paham bahwa, sang Kapten yang menginap di losmennya itu ternyata bukanlah Kapten Flint seperti yang diceritakan. Kapten Flint sendiri telah tewas di Amerika Utara setelah dua puluh tahun he berlayar dan membunuh banyak orang. Ia adalah seorang yang kaya raya saat tewas. Namun, tak seorang pun yang tahu apa yang terjadi dengan semua hartanya. Dari Squire Trelawney pula, Jim tahu bahwa kertas yang ia bawa adalah sebuah peta harta karun. Peta yang menunjukkan tempat disembunyikannya harta karun Flint.
Kemudian Squire Trelawney berencana untuk mencari harta karun tersebut. Ia menyewa kapal “Hispaniola” untuk membawanya ke Bristol tempat dimana harta karun itu disembunyikan. Tentu saja Dr.Livesey dan Jim turut serta dalam petualangan tersebut. Dr.Livesey ditugaskan sebagai petugas kesehatan dan Jim sebagai penjaga kabin. Tidak hanya mereka bertiga, Squire Trelawney juga menyewa awak kapal. Squire Trelawney sendiri bukanlah seorang pelaut. Ia menyewa Kapten Smollet untuk memimpin pelayaran tersebut. Turut serta dalam pelayaran tersebut, Long John Silver, yang bertugas sebagai juru masak.
Suatu ketika, di tengah pelayaran, secara tak sengaja Jim mendengarkan pembicaraan Long John Silver dengan salah satu awak kapal. Ternyata Long JohnSilver adalah mantan bajak laut yang dulu turut serta dalam pelayaran Flint. Kini, Silver memiliki niat jahat untuk merebut harta tersebut dan membunuh seluruh awak kapal “Hispaniola”.
Kapten Smollet dan Squire Trelawney cukup terkejut ketika mendengar cerita Jim. Mulanya, Squire tak percaya dengan apa yang didengar. Namun, kemudian ia diyakinkan oleh Kapten Smollet yang notabene mengetahui seluk beluk dunia pelayaran dan bajak laut.
Akhirnya, pelayaran mereka telah sampai di pulau yang dimaksud dalam peta. Kapten Smollet kemudian mulai mengkoordinir dan membagi awak kapal untuk yang ikut turun ke pulau dan yang tetap tinggal di kapal. Jim secara diam-diam ikut turun ke pulau.
Di perjalanan, Jim melihat dengan mata kepalanya sendiri kekejaman Long John Silver yang membunuh Tom- salah satu awak kapal yang membangkang ketika diperintahnya. Jim kemudian memisahkan diri dari rombonngan. Di tengah hutan, ia bertemu dengan orang asing yang telah menghuni pulau tersebut selama bertahun-tahun. Dia bernama Ben Gunn. Rupa-rupanya Ben Gunn mengetahui tentang seluk beluk harta karun Flint. Sementara itu, diatas kapal, Dr.Lisevey dan Kapten Smollet menyusun strategi. Mereka pun telah mengetahui bahwa Jim turun ke pulau secara diam-diam.
Diatas kapal, mereka kemudian menyusun rencana untuk mengantisipasi tindakan dari Long John Silver. Tak dapat terelakkan beberapa pertikaian seru terjadi antara kubu Kapten Smollet dan Long Jhon Silver. Namun, pertikaian itu pun berakhir dengan perdamaian-yang diminta oleh Long John Silver karena kalah strategi antara keduanya. Akhirnya mereka memutuskan untuk mencari harta karun itu bersama-sama.
Di tengah perburuan, mereka bertemu dengan Jim dan Ben Gunn. Ternyata Ben Gunn lebih mengetahui tentang harta karun Flint. Tak membutuhkan waktu lama, mereka akhirnya menemukan Hata karun Flint yang berlimpah. Harta karu itu tampak memukau terdiri dari emas dan koin-koin uang. Harta Flint memang melimpah, semuanya senilai tujuh ratus ribu pounds. Harta karun yang telah terpendam lama. Harta karun yang untuk mendapatkannya menimbulkan tak sedikit korban jiwa.
Harta karun Flint itu kemudian dibagi-bagi setelah mereka kembali ke daerah asal. Berakhirlah petualangan Jim Hawkins. Jim Hawkins kapok untuk berpetualan lagi, ia tak menyukai petualangannya berburu ke pulau harta karun, namun ia menceritakan pengalamannya untuk kita semua.